С 1592 года Бихач состоял под управлением боснийского визиря Хасан-паши Предойевича, бывшего православного боснийца (влаха).

Готическая церковь Св. Антония была переделана в мечеть.

Вначале Бихач стал центром санджака в составе Боснийского пашалыка. С отменой статуса пашалыка в 1699 году, Бихач перешёл в состав Боснийского санджака. С этого времени город использовался как база турецких войск в пограничных война с Габсбургами. В 1865 году Бихач снова получает статус центра санджака, но в 1878 году Австрия оккупирует Боснию. В 1888 году разрушается цитадель города, что объединяет город и его пригороды. Новое правительство построило школы и мелкие промышленные предприятия, что способствовало притоку населения. Город бурно развивался вплоть до Великой Депрессии.

Во время Второй мировой войны Бихач был штаб-квартирой Иосипа Броз Тито и центром сопротивления нацистам и усташам: партизаны заняли город 4 ноября 1942 после 42-часового боя с усташским гарнизоном. Немецкие и хорватские части смогли захватить город лишь в 1943 году и удерживали его вплоть до апреля 1945 года.

Бихач значительно пострадал во время Боснийской войны, когда город находился под сербской осадой более трёх лет. Осада была снята в августе 1995 года во время операции «Буря».