Музей расположился по улице Новозамковая, 3 (ныне улица Давыда Городенского) в здании монастыря XVIII века. С 1979 по 1985 год на территории монастыря под проведены реставрационные работы руководством архитектора Галина Жаровиной. В результате реконструкции музея дополнительно открылось 15 выставочных помещений общей площадью свыше 2200 м кв. Открытие музея состоялось в 1985 году. В музее были собраны рукописи, картины, произведения скульптуры, этнографические коллекции и коллекции монет. В 1989 году переименован в Белорусский государственный музей истории религии. Кроме научной работы музей занимается просветительской деятельностью. В музее организуются тематические экскурсии, концерты старинной музыки и научные конференции и читаются лекции.

Музейные строения в течение 1992—1998 годов перешли в распоряжение возрожденному православному Свято-Рождество-Богородичному женскому монастырю. В1992 году строение по улице Замковой, 16 перешло в распоряжение "Управления по восстановлению и сохранности исторических и культурных памятников" облисполкома и это здание стало использованием музеем. Лишь в августе 2005 года по причине устранения УП «Гродно-Реставрация» музей разместился в двухэтажном особняке, считающимся памятником зодчества периода классицизма с деталями барокко конца первой половины XVIII в. и нуждался в реконструкции и оборудования под музей.

26 июля 2005 года памятник культуры «Белорусский государственный музей истории религии» был переименован в Гродненский государственный музей истории религии. Реконструкция здания началась в 2006 году. Реставрационные работы закончились в 2009 году и открылась первая выставка «Эпоха. Время. Здание», которая знакомит с различными направлениями культуры города конца XVIII — начала ХХ вв., два экспозиционных помещения и музыкальный зал на 90 мест.

В 2010 году в реставрированных музейных помещениях открылись экспозиции «Пой Господe, всея земля» (к фестивалю религиозных песнопений), «Пасха — праздников праздник», «В Гродно их можно встретить чаще всего».

Иудейское религиозное сообщество в Гродно в ноябре 2013 года отдало в распоряжение музея два зала на первом этаже трехэтажного правого строения в Великой хоральной синагоге (по улице Большая Троицкая, 59 А), где находится выставка «Музей на Троицкой», показывающая людей, сыгравших большую роль в процессе становления мировой и еврейской культуры.